Manual de Referência do MySQL :: A.4.4 Onde o MySQL Armazena Arquivos Temporários

O MySQL usa o valor da variável de ambiente TMPDIR como caminho para o diretória que aramzena os arquivos temporários. Se você não tiver definido TMPDIR, o MySQL usa o padrão do sistema, que normalmente é /tmp ou /usr/tmp. Se o sistema de arquivo contendo o seu diretório de arquivo temporário é muito pequeno, você deve editar o mysqld_safe para configurar TMPDIR para apontar para um diretório onde você tenha espaço suficiente! Você também pode definir o diretório temporário usando a opção --tmpdir com mysqld.

O MySQL cria todos os arquivos temporários como arquivos ocultos. Isto assegura que os arquivos temporários serão removidos se o mysqld for terminado. A desvantagem de usar arquivos ocultos é que você não verá um arquivo temporário grande que enche o sistema de arquivos no qual o diretório de arquivos temporários está localizado.

Ao ordenar (ORDER BY ou GROUP BY), o MySQL normalmente usa um ou dois arquivos temporários. O espaço em disco máximo que você precisa é:

(tamanho do que é ordenado + sizeof(apontador do banco de dados))
* números de linhas encontradas
* 2

sizeof(apontados do banco de dados) normalmene é 4, mas pode crescer no futuro para tabelas realmente grandes.

Para algumas consultas SELECT, o MySQL também cria tabelas SQL temporárias. Elas não são ocultas e têm nomes da forma SQL_*.

ALTER TABLE cria uam tabela temporária no mesmo diretório da tabela original.

Se você está usando o MySQL 4.1 ou posterior você pode espalhar a carga entre vários discos físicos definindo --tmpdir com uma lista de caminhos separados por dois pontos : (ponto e vírgula ; no Windows). Eles serão feitos através de escalonamento round-robin. Nota: Estes caminhos devem ser de diferentes discos físicos, e não partições diferentes do mesmo disco.